最凶險的胃部腫瘤生物標誌物找到了,為精準診斷和個體化治療指明方向

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近日,國際知名期刊《癌症通訊》(Cancer Communication)發表了復旦大學附屬中山醫院劉天舒教授團隊與至本醫療共同完成的中國胃肝樣腺癌基因圖譜和重要生物標誌物MUC19研究成果。這項研究基於全外顯子組資料,繪製了胃肝樣腺癌的分子特徵和發展機制,指出MUC19可能是胃肝樣腺的重要生物標誌和潛在治療靶點,為探索胃肝樣腺癌的精準診斷和個體化治療提供了新思路。

胃肝樣腺癌是一種惡性程度很高的胃部腫瘤,與常見的胃癌相比,其血管侵犯、淋巴結轉移和肝轉移率更高,5年生存率僅為9%,患者預後極差。目前對胃肝樣腺癌尚無有效的治療方法,其發病機制也不甚清楚。

針對這種凶險的腫瘤,研究人員在至本醫療實驗室對40例腫瘤及其配對癌旁樣本進行了全外顯子組測序,其中包括25例胃肝樣腺癌、6例其他器官的肝樣腺癌和9例甲胎蛋白胃癌。所有患者已在中山醫院接受了根治性手術。

這項研究採用至本醫療的全外顯子測序和生物資訊學分析方法,首次繪製了胃肝樣腺癌患者的基因突變譜圖,揭示出它與其他癌種的差異。研究團隊首次發現,MUC19可能是胃肝樣腺癌的新型診斷標誌物,為胃肝樣腺癌個性化診療指明瞭一個發展方向。“這是中國首次針對胃肝樣腺癌機制的研究,篩選出了胃肝樣腺癌的特異性高頻突變基因。”至本醫療生物資訊科學家連保峰博士說。

人的基因共有約30億個鹼基,完整檢測一遍即全基因組測序,價格較高且臨床意義有限。如何降低成本、提升臨床價值?科學家開發了全外顯子測序技術。這是基於目標序列捕獲技術、高通量測序技術發展起來的一種重點關注基因組編碼區的基因檢測技術,是目前揭示單基因病致病原因較為綜合的方法。

全外顯子組測序內容包含了人類已知約20000個蛋白編碼基因外顯子及外顯子側翼區域,是與表型直接相關的基因組範圍。雖然外顯子只佔人類全基因組的不到2%,但包含超過85%的已知致病突變。

連保峰博士表示,如果用腫瘤基因panel(基因包)的方式檢測,只能覆蓋已發現的癌症相關驅動基因,像MUC19這類基因未必包含在panel中。而如果用全外顯子組測序技術,就可能發現新的潛在腫瘤相關基因,這是其主要優勢。此外,外顯子測序在檢測腫瘤療效及預後的生物標誌物方面有優勢,是進行腫瘤突變負荷檢測的“金標準”。

據介紹,用二代測序作為全外顯子組測序的技術,通常需要用一代測序做進一步驗證。本次研究的驗證環節顯示,兩次測序的吻合度非常高,說明基於二代測序的全外顯子測序技術在檢測基因突變方面的準確度已相當高。