最凶险的胃部肿瘤生物标志物找到了,为精准诊断和个体化治疗指明方向

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近日,国际知名期刊《癌症通讯》(Cancer Communication)发表了复旦大学附属中山医院刘天舒教授团队与至本医疗共同完成的中国胃肝样腺癌基因图谱和重要生物标志物MUC19研究成果。这项研究基于全外显子组数据,绘制了胃肝样腺癌的分子特征和发展机制,指出MUC19可能是胃肝样腺的重要生物标志和潜在治疗靶点,为探索胃肝样腺癌的精准诊断和个体化治疗提供了新思路。

胃肝样腺癌是一种恶性程度很高的胃部肿瘤,与常见的胃癌相比,其血管侵犯、淋巴结转移和肝转移率更高,5年生存率仅为9%,患者预后极差。目前对胃肝样腺癌尚无有效的治疗方法,其发病机制也不甚清楚。

针对这种凶险的肿瘤,研究人员在至本医疗实验室对40例肿瘤及其配对癌旁样本进行了全外显子组测序,其中包括25例胃肝样腺癌、6例其他器官的肝样腺癌和9例甲胎蛋白胃癌。所有患者已在中山医院接受了根治性手术。

这项研究采用至本医疗的全外显子测序和生物信息学分析方法,首次绘制了胃肝样腺癌患者的基因突变谱图,揭示出它与其他癌种的差异。研究团队首次发现,MUC19可能是胃肝样腺癌的新型诊断标志物,为胃肝样腺癌个性化诊疗指明了一个发展方向。“这是中国首次针对胃肝样腺癌机制的研究,筛选出了胃肝样腺癌的特异性高频突变基因。”至本医疗生物信息科学家连保峰博士说。

人的基因共有约30亿个碱基,完整检测一遍即全基因组测序,价格较高且临床意义有限。如何降低成本、提升临床价值?科学家开发了全外显子测序技术。这是基于目标序列捕获技术、高通量测序技术发展起来的一种重点关注基因组编码区的基因检测技术,是目前揭示单基因病致病原因较为综合的方法。

全外显子组测序内容包含了人类已知约20000个蛋白编码基因外显子及外显子侧翼区域,是与表型直接相关的基因组范围。虽然外显子只占人类全基因组的不到2%,但包含超过85%的已知致病突变。

连保峰博士表示,如果用肿瘤基因panel(基因包)的方式检测,只能覆盖已发现的癌症相关驱动基因,像MUC19这类基因未必包含在panel中。而如果用全外显子组测序技术,就可能发现新的潜在肿瘤相关基因,这是其主要优势。此外,外显子测序在检测肿瘤疗效及预后的生物标志物方面有优势,是进行肿瘤突变负荷检测的“金标准”。

据介绍,用二代测序作为全外显子组测序的技术,通常需要用一代测序做进一步验证。本次研究的验证环节显示,两次测序的吻合度非常高,说明基于二代测序的全外显子测序技术在检测基因突变方面的准确度已相当高。